酒曲中通常含有根霉、毛霉及酵母菌，还有一些特有的酶类，在米酒酿造中根霉菌通常起双边发酵的作用，因此根霉种类、发酵特性对于产品的特性品质具有非常重要的意义。 

根霉在人工培养基或自然基物上生长时，菌丝体向空间延伸，遇光滑平面后营养菌丝体形成葡蔔枝，节间产生假根，假根处葡蔔枝上着生成群的孢子囊梗，柄顶端膨大形成孢子囊，囊内产生孢子囊孢子。进行根霉菌分离时常利用此生长和形态特性判断是否根霉菌，再挑取单个孢子囊孢子进行纯化。 

酒酿制作所用原料多为糥米，其主要成分为淀粉，经过蒸煮糊化后，利用酒曲中根霉菌较强的液化和糖化能力将其中的淀粉降解为不可酵糖和可酵糖，由淀粉降解为葡萄糖等还原糖的过程通常称为糖化，可酵糖供根霉菌本身的酒化酶及酵母菌利用产生酒精，不可酵糖则残留在发酵醪中形成米酒或酒酿特有的体和甜香味。 

不同酒曲中的根霉菌菌种不同，发酵时间和其它环境条件要求也不同，通过对发酵过程中还原糖、酒精度等参数的测定，结合发酵物的感官评定，判断是否终止发酵。