传统的麦曲，完全采用天然接种微生物的方式。小曲的接种在宋代以前， 也不例外。但在<<北山酒经>>中则记载了一种人工接种的方式，即:"团成饼子，以旧曲末逐个为衣"。也就是说把新制成的曲团在陈曲粉末上滚动一下， 陈曲末便粘在新曲团的表面，陈曲末中有大量的根霉孢子，可以在曲团上迅速繁殖，形成生长优势。由于可以人为地选择质量较好的陈曲作为曲种，这就可以择优汰劣。通过年复一年的人工选育，自然淘汰，质量优越的曲种(实际上是微生物菌种)就保留下来了。而天然接种的酒曲，酒曲中微生物的来源主要是水源，原料本身所带入，或者制曲场所及用具。性能优良的菌种无法代代相传，酒质也就无法恒定。

明清时期，小曲中加入种类繁多的中草药，成为这一时期的特点。明代<< 天工开物>>中说:"其入诸般君臣与草药，少者数味，多者百味，则各土各法，亦不可殚述"。这种传统做法一直延续至现代。周恒刚先生在1964 年搜集的四川邛崃的药曲配方中，有一例，其配方中用药达72味，合计50多公斤，可配1460公斤的原料( <<糖化曲>>，1964年，中国财经出版社)。但小曲也有少加甚至不加药的。 如明代的东阳酒曲中只加辣蓼。宁波白药也是如此。故明代以来，小曲向药小曲和无药小曲两个方向发展。

小曲中的微生物主要是根霉，据有关科技工作者分离鉴定，在分离到的828株毛霉科的霉菌中，其中根霉占643株。根霉不仅具有糖化作用，还具有酒化酶， 故具有酒化作用。小曲中还有许多其它微生物，现代工业微生物从中得到不少有益的菌种，继续为人类做出贡献。